Après son retour il fut nommé professeur d'architecture à l'Académie royale des beaux-arts de Bruxelles où durant quarante ans il marqua de son empreinte plusieurs générations d'architectes.

Il pratiqua l'éclectisme avec une préférence vers le style néo-Renaissance flamande.

Il est inhumé au Cimetière de Bruxelles à Evere.

Œuvre construite

Hôtel du Phare à Ostende (avant 1875).
Hôtel de Bruxelles à Ostende (avant 1875).
le second Casino-Kursaal d'Ostende (1875-1878), en collaboration avec l'architecte Félix Laureys.
l'Hôtel de Knuyt de Vosmaer,qui deviendra l'hôtel Empain et le siège de la Banque Empain, à Bruxelles (1878-1879).
Restauration de l'hôtel de ville de Loo (1906).
Restauration lourde de la façade et maison baroque Steenstraat 31 (1903).
Maison historicisante à Evendijk-West, Zeebruges (1904).
école de la paroisse Saint-Donat à Zeebruges (1907-1908).

Bibliographie

Henri Van Dievoet, "In memoriam Joseph Naert", dans : L'Émulation, Bruxelles, 1910, n°11, pp. 83–84
Luc Devliegher, De huizen te Brugge, Tielt, 1964.
Hendrik Demarest, In 't kwartier van Jan, Bruges, 1974.
Brigitte Beernaert e.a., Stenen herleven, Bruges, 1988.
A.A.M., Académie de Bruxelles. Deux siècles d'architecture, Bruxelles, 1989
Brigitte Beernaert, Jozef Jan Naert, dans : Lexicon van West-Vlaamse beeldende kunstenaars, Courtrai, 1992.
Andries Van den Abeele, "Samuel Coucke en zijn zonen. Een Brugse glazeniersfamilie", dans : Brugs Ommeland, 1999, blz. 93-128.