Foi fillo ilexítimo de Román Moratinos Ventosa, industrial natural de Briones, A Rioxa, e Marcelina Fernández Díaz, ferrolá. Casou con Syra Alonso o 19 de novembro de 1920, co poeta e cónsul uruguaio Julio José Casal como testemuña. Tivo ao seu cargo a Librería de Arte, na rúa Real da Coruña, e colaborou activamente coa revista Alfar, da que foi director artístico. Participou nos parladoiros da librería da súa propiedade e do café La Peña.
"Casa da Felicidade", residencia de Francisco Miguel e Syra en Coruxo de Abaixo.
Autodidacta, ao longo da súa vida realizou múltiples viaxes e cambios de residencia: Montparnasse (París), en 1923, onde se formou na arte do batik; Cuba e México (1926-33), onde naceron os fillos Juan Ramón e Sandro e onde traballou co muralista David Alfaro Siqueiros, o que contribuíu a poñelo en contacto directo coas vangardas artísticas do momento (Diego Rivera, Blanca Luz Brum…). En 1933 volveron a España. Tras un ano en Madrid regresaron a Galicia, intalándose na "Casa da Dicha" (Casa da Felicidade) no Porto de Santa Cruz, Liáns, Oleiros.
O 3 de agosto de 1936 foi detido pola Garda Civil, acusado de actuar contra o réxime militar golpista. Saíu en liberdade, pero o 19 de setembro prendérono de novo. O 28 de setembro apareceu o seu cadáver fusilado en Bértoa, coa cara fendida e as mans amputadas, e foi enterrado no cemiterio da localidade. En 1942, Syra e os tres fillos volveron definitivamente a México, exiliados.
En 1999 a cidade da Coruña dedicoulle unha rúa.
