余懋衡(?-1629年),字少原,直隸婺源縣人,明朝政治人物。
萬曆十九年(1591年)辛卯科應天鄉試舉人。萬曆二十年(1592年)聯捷壬辰科第三甲第二名進士,授江西永新知县。徵為江西道监察御史。仕至南京吏部尚書。
曾祖余煒;祖父余基;父余世安。